Pada zaman kuno, sekira abad pertama sampai tahun 1500 M, pendidikan dilaksanakan di padepokan, seperti padepokan Pacrabakan dan Wihara yang diasuh seorang guru atau Pandeta Jnanabadra. 

Saat itu, pembelajaran yang diberikan adalah setiap murid wajib menirukan guru, menghafaI dan mengerjakan perintah guru.

Pendidikan pada tahun 1800 - 1900 M di Yogyakarta diselenggarakan di sekitar Kraton Jogja, tepatnya di bagian tratag.

Pusat pendidikan di dalam keraton disebut “Sekolah Tamanan dan Gubernemen”. Di sana, pendidikan diasuh oleh kerabat kerajaan dan tokoh agama. 

Materi pembelajaran yang diberikan antara lain pembentukan sikap peradaban batin, perilaku, dan etika. 

Kala itu, perkembangan pendidikan di Yogyakarta banyak diwarnai oleh Belanda.

Sebab, Belanda masuk ke Indonesia secara kooperatif dengan para raja.

Inilah yang membuat pengaruh Belanda masuk dalam pendidikan Yogyakarta.

Belanda mengajarkan pengetahuan bidang politik dagang, kebudayaaan, pertanian, bahasa, budaya, sampai hukum. 

Sekolah-sekolah peninggalan Belanda di Kota Jogja yang sampai saat ini masih eksis dan terkenal adalah SMA Negeri 3 Yogyakarta dan SMP Negeri 5 Yogyakarta.

Pada era tahun 1900 sampai tahun 1945 atau era Kebangkitan Nasional, pendidikan di Kota Yogyakarta masih dipengaruhi keberadaan Belanda.

Hal tersebut dibuktikan dengan didirikannya Sekolah Rakyat pertama di Yogyakarta pada tahun 1870, ada Holland Inlandsche School (HIS), MULO, Schakel School, dan sebagainya.

Saat itu, materi pembelajaran yang diberikan adalah seputar pendidikan kesejahteraan rumah tangga, tata krama, dan budaya.

Seperti diketahui, keberadaan Belanda dan politiknya telah mengeksploitasi rakyat Indonesia dan membawa derita besar bagi rakyat.

Untuk itu, para tokoh nasional mulai bangkit dan mendirikan lembaga-Iembaga kooperatif dan nonkooperatif yang bergerak di bidang pendidikan.