Mulai dari Operasi Panah di wilayah Aceh pada 1990-1992, Operasi Elang Sakti XXI (Operasi Pengamanan Perbatasan NTT) pada 1999, Operasi Garuda Jaya, Operasi Pengamatan Udara Perbatasan kelanjutan dari Operasi Elang Sakti di NTT, dan Operasi Oscar yang merupakan operasi pengamanan wilayah perairan.
Pada 28 April 2016, F-5 E/F Tiger II melaksanakan penerbangan terakhir di Indonesia lewat misi Simulated Surface Attack (Phoenix Flight) dengan TS 0216 yang diterbangkan Phoenix 1 Letkol Pnb Abdul Haris dan Phoenix 2 Mayor Pnb I Kadek Suta Arimbawa yang menerbangkan TS 0512.
Pada Mei 2016, Komandan Skadron Udara 14 Letkol Pnb Abdul Haris memerintahkan kepada penerbang untuk menghentikan operasional pesawat F-5 E/F Tiger II.
Hal itu berdasarkan telegram pimpinan TNI AU Nomor T/719/2016 tanggal 3 Mei 2016 tentang penghentian sementara pengoperasian (stop flying) seluruh pesawat F-5 E/F Tiger Skadron II Skadron Udara Lanud Iswahyudi.